改革开放20多年来，学校科技工作迅猛发展，特别是“九五”以来，我校科技工作始终瞄准世界海洋科学发展的前沿，适应国家需求，面向经济建设主战场，大力加强基础研究和高新技术研究，积极开展科技服务和科技成果产业化工作，努力为国家及地方经济建设和社会发展做出应有的贡献。
2001年我校实到科研经费6670万元,比2000年增长近60%。其中纵向经费为2800万元，横向经费为1870万元，科技成果转让经费2000万元。
在“十五”国家重大项目计划“863”计划的资源环境领域，我校主持的课题31项(含青年基金)，经费资助5000多万元；基础研究方面，2001年度获国家自然科学基金资助24项，其中重点基金2项，经费785万元；主持科技攻关课题2项，经费476万元，呈现国家海洋科研主力军的实力。人文社科研究也取得突破，申请到国家社会科学重点计划项目1项、科技部软科学项目1项、教育部人文社科“十五”规划项目1项。
我校的科技成果丰硕，2001年共鉴定验收成果26项，其中达国际先进水平的16项； SCI收录文章103篇，EI文章（1-9月）14篇，其中SCIENCE文章1篇，实现山东省零的突破；2001年我校还获得省部级一等奖5项，其中1项被推荐申报国家自然科学奖。
在承担国家重大科技项目的同时，我校始终坚持“大科学、主战场”的发展战略，努力为地方经济建设服务，以“新型海洋药物PSS”为代表的一批高技术研究项目在全国推广并产生了显著经济效益，使我校直接服务于国家经济建设的能力进一步提高。仅2001年横向科研项目90项，实到经费3670万元，比2000年度翻了一番；以管华诗院士主持研究的2个国家一类新药“新型抗艾滋病海洋药物—911”和“抗心脑血管疾病海洋生物新药D-聚甘酯”成果作价入股与山东中鲁远洋渔业股份有限公司组建的“中鲁海大爱华海洋药业有限公司”，目前已进入正常运营阶段，并准备吸收“三九”等医药企业参与合作经营；以科技项目为依托与企业进行股份制合作取得进展，创办了“山东海汇”等4个股份制企业，其中2个已进入上市辅导期。
国际合作研究有了长足的进展，在继续推进中德“渤海湾”、“胶洲湾”合作研究项目、中澳海洋管理中的科学、法律和政策及区域合作项目的基础上，主持重大国际合作项目（全国30项）——“中国近海典型海域入海物质水文地球化学过程及其环境效应”；另主持4项合作研究项目，使得国际合作从互访、互派发展到实质性的合作研究。
“十五”期间，我校科技工作仍将继续抓好基础研究，使海洋和水产等优势学科的某些研究方向异峰突起，某些方面处于世界领先地位，同时，引入科技特区理念，加大政策扶持力度，不断深化应用研究与技术开发，促进科技成果转化，面向经济建设服务。
在建设高水平特色大学的过程中，我校将根据学校现有基础，结合社会发展与经济建设的需求，依照“有所为、有所不为”的原则，在今后3年内，重点建设现有的11个国家和省（部）级重点学科，使海洋和水产等优势学科的某些研究方向异峰突起，某些方面处于世界领先地位。重点研究资源、环境、灾害等与人类生存和发展密切相关的海洋科学重大基础问题，其中包括中国近海环流及其动力学，海洋生态系统与生态动力学，海洋生物、化学、矿产资源的可持续开发利用中的基础问题，海洋减灾与防灾等，力争在上述研究方面取得有显著特色的国际前沿性成果。
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